El Maestro y Margarita es una novela fantástica satírica publicada por su esposa veintiséis años después de su muerte, en 1966, que le ha otorgado la inmortalidad crítica. El libro estuvo disponible en la clandestinidad, como samizdat ("sam "+ "izdat" - "autoeditado", Vladimir Bukovsky lo definió como "yo mismo lo creo, lo edito, lo censuro, lo publico, lo distribuyo, y [puedo] ser encarcelado por ello"), durante muchos años en la Unión Soviética, antes de la serialización de una versión censurada en la revista Moskva. Un manuscrito destruido del Maestro es un elemento importante de la trama y, de hecho, Bulgákov tuvo que reescribir la novela de memoria después de quemar el borrador del manuscrito con sus propias manos.
La novela es una crítica a varias bandas de la sociedad soviética en general y de su sistema literario en particular. Comienza con la visita de Satán a Moscú en los años veinte o treinta, uniéndose a la conversación de un crítico y un poeta, que debaten afanosamente sobre la existencia de Jesucristo y el Diablo.
A continuación, se convierte en un alegato contra la corrupción, la codicia, la estrechez de miras y la paranoia generalizada de la Rusia soviética. Prohibida pero muy leída, la novela afianzó firmemente a Bulgákov en el panteón de los grandes escritores rusos.